G3 实验室设立以区块链创新应用技术及产品研发为导向的组织结构。

G3 实验室下设区块链基础设施研究中心，区块链安全研究及测评中心、区块链金融服务中心、数字人民币研究示范中心、公共服务平台搭建与项目管理部、成果转化推广办公室和综合办公室等部门。实验室配备专业技术带头人和一批专业研发团队，明确项目管理、产学研用合作、开放共享、人才管理、知识产权运营、人才激励等机制，保证参与各方紧密绑定并深度融合，积极与科研、金融、科技服务、知识产权等相关外部机构通过项目协作、委托服务等方式展开合作，增强实验室的自身造血功能和市场竞争力。

实验室由国家信息中心，国务院发展研究中心，清华大学网络行为研究所，清华大学人工智能研究院专家为主构建成立技术指导委员会，为区块链创新应用核心技术攻关，创新应用模式提供指导与保障。